Tão comum hoje em dia, os Pen drives podem desempenhar muitas funções de segurança como, por exemplo, chave para Travar/Destravar o Computador:

Quem não se contenta ou não pode se contentar apenas com a senha do Windows para proteger o micro pode utilizar o próprio Pen drive para uma proteção mais forte, principalmente em Notebooks, mais sujeito a roubos.

Para isso, baixe e instale o aplicativo gratuito TrueCrypt já abordado neste artigo e escolha a opção System > Encrypt System Partition/Drive. Lembrando que o software tem de estar instalado no Computador, não no Pen drive.

Digite a senha e tenha o pen drive conectado no micro (contendo o arquivo indicado na tela do programa) para acessar o Windows. Para remover essa proteção, acesse, no TrueCrypt, System > Permanently Decrypt System Partition/Drive.

AVISO: se perder a senha você não conseguirá acessar o conteúdo do computador. Terá de formatar o disco e o prejuízo pode ser grande.

Suíte de Primeiros Socorros

Outra dica legal é carregar sempre um kit para remoção de vírus e manutenção do Windows já que versões portáteis de ferramentas consagradas não faltam. Veja:

Manutenção no Registro
CCleaner

Antivírus
ClamWin

Pode-se também baixar o Anti-Malware Toolkit, ferramenta que atualiza automaticamente os seguintes programas:
SpywareBlaster
CCleaner
RogueRemover
SUPERAntiSpyware Free
Malwarebytes Anti-Malware
Spybot Search and Destroy
HijackThis

Dicas simples, mas que previnem grandes dores de cabeça.
É isso.