Para criar um bom theme para WordPress, você precisa conhecer bem a
estrutura de arquivos que são utilizados no construir estes themes. São
usados vários arquivos que setorizam as várias funcionalidades do blog
ou site. Veja abaixo arquivos que são normalmente utilizados:

• Página de Erro 404 – 404.php
• Histórico e Arquivo – archive.php
• Index de Histórico e Arquivo – archives.php
• Página de uma Categoria – category.php
• Comentários – comments.php
• Rodapé – footer.php
• Cabeçalho – header.php
• Links – links.php
• Home e Principal – index.php
• Páginas – page.php
• Post – single.php
• Formulário de busca – searchform.php
• Resultados de busca – search.php
• Sidebar – sidebar.php
• Stylesheet – style.css

O WordPress usa as Query String
de cada link do seu site para saber qual arquivo ele deve mostrar na
página. Ele decide qual tipo de página será requisitada – uma página de
busca, categoria, a home etc.

Ele procura esses arquivos dentro do diretório do seu template. Caso o
WP não encontre o arquivo requisitado, ele escolhe o template padrão do
index.php para ser usado. Há uma hierarquia de arquivos de template que
o WordPress irá requisitar caso ele não encontre o correto.

Por exemplo: imagine que seu visitante clique em um link de seu site
que o leve para dentro de uma categoria. O WordPress irá procurar o
arquivo referente à categoria personalizada. Suponha que o ID da
categoria seja 40, ele procuraria o arquivo category-40.php,
que é o arquivo que personaliza a página desta categoria. Caso ele não
o encontre, o WordPress procura pelo arquivo genérico que gera as
páginas de categorias, no caso o category.php. Contudo, se ele não encontrá-lo também, ele procurará o archive.php
que é o documento que gera as páginas de históricos e arquivos. Caso
ele também não o encontre, ele irá utilizar o arquivo principal index.php

Assim, seu sistema/blog/site não fica com erros por não encontrar um determinado documento.

Abaixo segue a hierarquia de alguns arquivos. Você pode ver muito mais detalhes aqui.

Home Page

home.php
index.php 

Visualizando o post

single.php
index.php

Páginas

nomedapagina.php - Seria um arquivo para uma página especifica personalizada
page.php
index.php 

Category display

category-id.php - Categoria específica, onde o ID é o número de identificação da categoria
category.php
archive.php
index.php 

Histórico

date.php
archive.php
index.php 

Tag

tagslug.php - Arquivo personalizado para uma tag específica
tag.php
archive.php
index.php 

404

404.php
index.phpc

Na documentação do WordPress há um diagrama muito esclarecedor:

Muitos desenvolvedores por aí aconselham que você comece seu theme
a partir de um já pronto. Eu já vou além e sugiro que você comece
fazendo os arquivos à medida em que for precisando dos arquivos. Assim
você evita grandes quantidade de documentos inúteis
na pasta do seu template. Isso é muito importante caso você esteja
fazendo um site, por exemplo. Quanto mais organizado e menor a
quantidade de arquivos, melhor. Mesmo assim, não atole todas as funções
no index.php. Divida cuidadosamente as seções do site para não haver confusão em apenas um arquivo.

É possível saber quais os arquivos você precisará utilizar em seu
template logo quando recebemos os documentos em HTML. Você pode
utilizá-los como base para a criação dos arquivos dos templates. É a
melhor maneira de começar criando um theme do zero.

No site do WordPress há outras muitas informações importantes sobre a Hierearquia dos Arquivos.