Veja como fazer o deploy remoto no Websphere
6.1/7.0 através do eclipse. Para tal função vamos ter que modificar
algumas configurações no WAS console. Você pode fazer isso com o
Process Server da IBM conhecido como WPS. Nesse exemplo vou utilizar o
Process Server 6.1 (IBM WPS 6.1).

Esse recurso é bem útil para
depurar código que está em produção ou em uma máquina Servidor Linux
rodando o WAS, por exemplo. Para isso você precisa do eclipse com os
fontes do projeto.

Vamos às configurações do Websphere primeiro.
Suba o Websphere e entre no console de administração, se você está com
o servidor na sua máquina mesmo, acesse o console com o endereço: http://localhost:9060/admin.

Configurando o Debug no Servidor

Após
entrar no console de administração do Websphere vá em: Servidores ->
Servidores de Aplicativos e clique em server1conforme a foto abaixo.

Agora
procure pela opção de Propriedades Adicionais, que está no menu da
direita, bem abaixo, e clique em Serviço de Depuração, conforme a foto:

Marque a opção para Ativar Serviço na Inicialização do Servidor, mude a Porta de Depuração do JVM para 7781 e adicione como Argumentos de Depuração JVM os valores: -agentlib:jdwp=transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=7781, conforme a foto:

Feito
isso, clique em ok e depois em salvar. Agora você terá que derrubar o
servidor e subir de novo para que as modificações tenham efeito de
fato. Feito isso o servidor já está pronto para ser depurado.

Vamos às configurações do eclipse. Você tem que ter os mesmos fontes que
estão rodando no servidor (.class) em forma de código (.java) no seu
eclipse. Clique em cima da classe que você quer debugar e com o botão
direito do mouse clique em Debug As -> Debug Configurations. Veja a figura abaixo:

Escolha a opção de Remote Java Application e clique em New Launch Configuration, conforme a tela abaixo:

Mude a porta para 7781. Na aba source adicione os projetos ao seu classpath, bem como
dependências para realizar esse debug. Agora você já pode clicar em
Debug e pronto. Agora basta usar a aplicação até chegar no ponto de
debug que você marcou. Se você olhar na perspectiva de debug do eclipse,
vai ver que ele se conectou na JVM da IBM, chamada de J9.

Espero que isso ajude em situações adversas, abraços e até a próxima.